Sant Joan les Fonts está formado por tres núcleos de población: Sant Joan les Fonts -que da nombre al municipio-, La Canya y Begudà. El municipio se encuentra en un punto de confluencia de las carreteras que unen Girona con Olot, Figueres y Camprodon. Además, es paso obligado para los amantes de los deportes de invierno que van a las pistas de esquí de La Molina, Vallter o Andorra.

Siguiendo la Ruta de la Tres Coladas, a parte de los espectaculares riscos que resiguen la Riera de Riudaura, también se pueden observar algunos de los sitios de más interés del pueblo: el puente medieval -construido con  piedra volcánica- y el Molí Fondo, un espacio de interés por su arqueología industrial y por la colada de lava que formaba parte de la antigua presa.

Fuera ya de la Ruta de las Tres Coladas podemos remarcar dos edificios de interés: el Monasterio Románico y el Castillo de Juvinyà, ambas construcciones declaradas de Interés Nacional.