El municipi de Sant Joan les Fonts el formen tres nuclis de població: Sant Joan les Fonts -que dóna nom al municipi-, La Canya i Begudà. El municipi es troba en el punt de confluència de les carreteres que uneixen Girona, amb Olot, Figueres i Camprodon. A més, és el pas obligat per als amants dels esports d’hivern que van a les pistes d’esquí de La Molina, Vallter o Andorra.

Seguint la Ruta de les Tres Colades, a banda de les espectaculars cingleres basàltiques que ressegueixen la Riera de Riudaura, també es poden observar alguns dels indrets de més interès del poble: el pont medieval -construït amb pedra volcànica- i  el Molí Fondo, un espai d’interès per la seva arqueologia industrial i per la colada de lava que formava part de l’antiga resclosa.

Ja fora de la Ruta de les Tres Colades hi ha dos edificis d’interès remarcable: el Monestir Romànic i el Castell de Juvinyà, ambdues construccions declarades d’Interès Nacional.